Berdasarkan Peraturan Bupati Timor Tengah Selatan Nomor 63 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Kesehatan Kabupaten Timor Tengah Selatan. Pada Bab II Pasal 2 Dinas Kesehatan adalah merupakan unsur pelaksana urusan pemerintah di bidang kesehatan yang berkedudukan di bawah dan bertanggungjawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah :

Sekretariat Dinas Kesehatan melaksanakan koordinasi, pelaksanaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur di Lingkungan Dinas Kesehatan, mengorganisasi, melakukan pembinaan dan mengawasi urusan program, anggaran, keuangan, perlengkapan dan ketatausahaan Dinas dan Koordinasi administrasi umum, keuangan, kepegawaian dan perlengkapan UPTD. Untuk melaksanakan tugas Sekretariat, mempunyai fungsi

Sekretariat Dinas Kesehatan melaksanakan koordinasi, pelaksanaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur di Lingkungan Dinas Kesehatan, mengorganisasi, melakukan pembinaan dan mengawasi urusan program, anggaran, keuangan, perlengkapan dan ketatausahaan Dinas dan Koordinasi administrasi umum, keuangan, kepegawaian dan perlengkapan UPTD. Untuk melaksanakan tugas Sekretariat, mempunyai fungsi : Pengkoordinasian, fasilitasi, pemantauan dan evaluasi penyelenggaraan penyusunan program dan anggaran Pengkoordinasian, fasilitasi, pemantauan dan evaluasi penyelenggaraan ketatausahaan.

Berdasarkan Peraturan Bupati Timor Tengah Selatan Nomor 63 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Kesehatan Kabupaten Timor Tengah Selatan BAB III, Pasal 3,susunan organisasi Dinas  Kesehatan Terdiri dari 1 (satu) Kepala Dinas, 1 (satu) Sekretariat, 4 (empat) Bidang, 3    (tiga) sub bagian , 12 (dua belas) seksi dan dibantu oleh kelompok jabatan fungsional.

Sekertaris membawahi 3 (tiga) Sub Bagian yaitu :

1. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;

2. Sub Bagian Keuangan dan Perlengkapan; dan

3. Sub Bagian Program, Pengendalian dan Pelaporan